重复经颅磁刺激（rTMS）在临床上应用广泛，一般认为rTMS的临床安全性较高，故而使用者常忽略其潜在的风险。随着体内内置物体患者增多，这也给rTMS的安全性带来了不确定性。在此，笔者结合临床使用经验和相关文献报道，总结如下。
产热：在没有铁磁性内置物情况下，rTMS引起的组织产热很低，一般不用担心rTMS产热的问题，如果是单脉冲TMS则更无需担心其产热问题。但是需要考虑rTMS刺激线圈过热引起的烫伤问题，一般来说50℃超过s或者55℃超过10s则会烫伤皮肤。但是有铁磁性物质存在的时候，则会产热明显，比如在rTMS评估或治疗时需采集EEG，则需考虑电极过热问题，不过电极径向开槽可显著降低产热。颅内有刺激电极时（如脑深部电刺激），则产热明显，会引起不可逆的脑损伤，故而禁用。移位：rTMS刺激过程中，由于磁场不断变化，会引起铁磁性金属物体的移位，临床上最常见的是颅骨修补和动脉瘤夹。目前使用的颅骨修补材料基本是磁兼容不会引起显著移位，在我们的颅骨修补rTMS治疗病例中，均未出现不良反应，但是我们常刺激的非修补的一侧。据报道TMS能引起动脉瘤夹的移位少于0.mm,基本可以忽略不计，在我们的病例中动脉瘤夹可以接受3.0T磁共振检查，故而基本不担心rTMS引起其移位问题，但在临床上我们对动脉瘤夹仍持谨慎态度，是否进行rTMS治疗由使用者利弊权衡。人工耳蜗是一个潜在的隐患，在rTMS治疗前一定要询问或充分了解患者是否佩戴人工耳蜗，因为rTMS对人工耳蜗存在极大的移位风险，必须慎重。电压：rTMS强大的磁场会影响周围电磁设备的使用，一般是不建议在TMS治疗过程中同时应用在脖子以上的其他电磁设备，包括经过迷走神经电刺激、皮层电刺激、脑深部电刺激等，即使是在设备关闭的情况，也会因rTMS强大磁场产生电流，而损坏设备功能或者引起潜在的脑组织的损伤。一般认为rTMS对心脏起搏器的患者是安全的，因为心脏位置远离了刺激线圈，然而这是基于sTMS试验得出的，如果是rTMS还是要慎重，因为目前尚无证据表明rTMS累积作用会不会影响起搏器的功能。暴露：rTMS引起的磁场暴露是不可忽视的一个问题，包括患者暴露和操作者的暴露，按照相关磁场暴露防护规范，患者的rTMS暴露问题还是可控的，但是最不确定的是操作者的暴露问题，因为长年累月的磁场暴露会引起何种问题，尚无法预测。笔者测试过rTMS刺激过程中的磁场变化，在线圈部位磁场远超标准，但如果距离超过1m基本无可测磁场，因此对此担心者，还需注意防护距离。听力：TMS刺激过程中能引起最大dB的声音，超过安全的最大声压强度。尚未有研究报道rTMS会引起显著的听力损害，只有零星报道，在我们治疗病例中，只有耳鸣患者反应较大，但是通过一些方法可以降低此影响，方法包括（1）佩戴耳塞，（2）